Οι ακαδημίες του Συλλόγου ιδρύθηκαν πριν 10 χρόνια για να στελεχωθεί η πρώτη ομάδα με αξιόλογους παίχτες της ευρύτερης περιοχής του  Δήμου Μουζακίου του νομού Καρδίτσας, αναδεικνύοντας τη κουλτούρα του  τοπικού ποδόσφαιρου.

Η Ακαδημία χωρίζεται σε παιδικό και γυναικείο τμήμα.

Το παιδικό τμήμα στελεχώνεται από τα τμήματα Κ8, Κ10, Κ12, Κ14, Κ16.

Διαβλέποντας δε την ανάγκη προβολής του τοπικού γυναικείου ποδοσφαίρου, με πολύ κόπο και διάθεση δημιουργήσαμε το 2023 το γυναικείο τμήμα της ακαδημίας μας, τμήμα το οποίο  αξίζει να σημειωθεί πως αποτελεί το πρώτο στην προαναφερθείσα περιοχή.

Πρόσθετος σκοπός του τμήματος αυτού είναι η ανάδειξη της δυναμικής του γυναικείου ποδοσφαίρου ξεκινώντας από τις μικρές ηλικίες, προσπάθεια η οποία έτυχε μεγάλης ανταπόκρισης από την τοπική κοινωνία.

Το σύνολο των παιδιών που συμμετέχουν στα παραπάνω τμήματα είναι περίπου 100 (80 αγόρια και 20 κορίτσια).